神户大学位于日本兵库县神户市滩区六甲台町1-1，濒临日本海和大阪湾，地处日本关西地区的中心位置。
神户大学的校园分布在神户市不同的区域，其中神户大学本部位于六甲岛，是整个校园规模最大的区域。而其他分散的校园包括神都校区、元町校区和垫木校区等，每个校区都有着自己独特的特色和功能。
神户大学的医学部与医学研究科位于神户市楠町，而海事学部与海事研究科则位于神户市深江町。
